در اسکن هسته ای قلب اسکن در دو مرحله استراحت و بعد از استرس (تست ورزش یا استرس دارویی) انجام می شود.
در مرحله اسکن قلب همراه با استرس تست ورزش یا استرس دارویی ابتدا تست ورزش انجام و در انتهای مرحله ورزش ، ماده رادیواکتیو (داروی مربوط به اسکن هسته ای قلب) تزریق می‌شود و یک دقیقه بعد دستگاه تردمیل بطور تدریجی از حرکت باز می‌ایستد. در صورت عدم تحمل فعالیت ورزشی، اسکن با دی‌پیریدامول به صورت جایگزینی برای تست ورزش مورد استفاده قرار می‌گیرد. دی‌پیریدامول نیز تاثیری مانند فعالیت ورزشی بر روی قلب می‌گذارند و نقاط سرد اسکن را نمایان می‌سازند.
نگاره برداری (اسکن) قلب ، بلافاصله پس از آزمون ورزش یا تزریق داروی اسکن امکانپذیر نیست و وجود یک تأخیر زمانی مناسب ضروری است. در اتاق انتظار با نوشیدن مایعات مثل چند لیوان آب یا شیرو قدم زدن ، به خروج پرتو داروی اضافی از کبد و کیسه صفرا کمک خواهید نمود . در مرحله تصویربرداری از قلب که حدود ۲۰ دقیقه طول می‌کشد، بدن باید در حالت بیحرکت قرار گیرد. جابجا شدن ، تکان دادن دستها ، سرفه کردن و حتی نفس عمیق کشیدن بخاطر جابجا کردن قلب در فضای سینه تصویر نهایی قلب را مخدوش کرده و سبب بروز خطاهای تشخیصی می‌شوند.
در نوبت بعد برای انجام اسکن هسته ای قلب در مرحله استراحت مجددا در زمان تعیین شده باید مراجعه کند. بعد از مرحله اول اسکن هسته ای قلب (اسکن قلب بعد از آزمون ورزش) می‌توان داروهای قلبی گذشته را تحت نظر پزشک معالج مجددا از سر گرفت (برای اسکن قلب در مرحله استراحت نیاز به قطع دارو وجود ندارد). برای انجام مرحله استراحت اسکن هسته ای قلب حداقل از ۳ ساعت قبل از مراجعه ناشتا باشید یا حداقل از مصرف شیر ، کره و مواد غذایی چرب و شکر پرهیز کنید. (در بیماران مبتلا به دیابت قندی ۱ ساعت ناشتا بودن کافی است). مرحله استراحت اسکن هسته ای قلب آسانتر و کوتاهتر از مرحله اولیه اسکن هسته ای قلب بوده و در این مرحله دیگر آزمون ورزش انجام نمی‌شود. ابتدا تزریق وریدی پرتو دارو به عمل آمده و پس از یک تأخیر زمانی حدود ۱ تا ۲ ساعته مجددا تصویربرداری از قلب با همان شرایط قبلی تکرار خواهد شد.